Mikotoksyny to drugorzędowe metabolity produkowane przez grzyby pleśniowe z rodzaju Aspergillus, Penicillium oraz Fusarium. Ich obecność w paszach oraz żywności stanowi istotny wskaźnik jakości. Związki te działają toksycznie na organizmy zwierząt i ludzi. Ze względu na to, że mikotoksyny są substancjami ciepło stabilnymi, a wysoka temperatura nie wpływa na ich degradację, również po usunięciu pleśni produkt pozostaje nadal skażony. Poznano ponad 400 mikotoksyn. Wśród nich występują: ochratoksyny, aflatoksyny, patulina, fumonizyny, deoksywalenon, luteosikiryn, kwas penicylinowy, kwas byssochlaminowy czy zearalenon. Substancje te wykazują działania mutagenne, kancerogenne, neurotoksyczne, immunotoksyczne, mogą również powodować zatrucia pokarmowe. Drób wykazuje dość wysoką wrażliwość na ochratoksynę A.